El proceso diagnóstico que se realiza en PNI es completamente integrador teniendo en cuenta no sólo un síntoma o un nombre de una enfermedad (medicina alopática actual), si no que va más allá y se basa en el estado actual del paciente y en todos los problemas de salud que haya podido tener el paciente a lo largo de su vida y que puedan haber influido en la patología o más bien que hayan podido influir en que esa patología se desarrolle.

A través de este diagnóstico somos capaces de generar una película de la vida del paciente relacionando los síntomas y estableciendo los mecanismos de acción que se han ido desarrollando para que la aparición de la patología sea posible, no nos centramos en la imagen final del resultado de la patología (foto actual) si no que el diagnóstico correcto se basa en todo lo que haya podido acontecer durante un período muy extenso de la vida del paciente, llegando incluso a la niñez (película).